En Colombia, Cinara mantiene relaciones de trabajo con instituciones del ámbito local, regional y nacional. Como las alcaldías municipales, gobernaciones departamentales, corporaciones autónomas regionales, ONG, universidades, ministerios, sector privado, empresas de servicios públicos de las medianas y pequeñas ciudades del país y empresas de servicios públicos comunitarias, principalmente.
Dentro de este tipo de organizaciones cabe mencionar el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, Colciencias, la Corporación Autónoma Regional del Valle del Cauca (CVC), las Empresas Municipales de Cali (EMCALI) y la Asociación de Organizaciones Comunitarias Prestadoras de los Servicios Públicos de Colombia (AQUACOL).
En el ámbito internacional desarrolla proyectos con entidades que conforman la Organización de las Naciones Unidas (ONU), centros de investigación y desarrollo, ONG, organismos financieros y universidades, entre otros. Entre estos se destacan UNESCO-IHE Institute for Water Education, International Water and Sanitation Centre (IRC), Fondo de las Naciones Unidas para la infancia (UNICEF), Organización Panamericana de la Salud (OPS); Banco Mundial y Banco Interamericano de Desarrollo (BID).
En el ámbito regional latinoamericano, Cinara ha participado en el desarrollo de proyectos en Guatemala, Honduras, Costa Rica, Nicaragua, Venezuela, Ecuador, Perú, Bolivia, Chile y Paraguay.
Docentes adscritos al Instituto han coordinado los componentes latinoamericanos de importantes redes como la Global Applied Research Network (GARNET), la Alianza de Género y Agua (GWA – por sus siglas en inglés), el Comité Técnico Suramericano de la Global Water Partnership (GWP), el Water Supply and Sanitation Collaborative Council (WSSCC). Preside la coordinación del grupo de trabajo en lagunas para aguas residuales de la International Water Association (IWA).